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bedtools

Un coltellino svizzero di strumenti per analisi genomica. Usato per intersecare, raggruppare, convertire e contare dati in formato BAM, BED, GFF/GTF, VCF. Maggiori informazioni: https://bedtools.readthedocs.io.

• Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:

bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -s > {{percorso/del/file_output}}

• Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da file1 e NULL dove non c'è sovrapposizione con file2:

bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -lof > {{percorso/del/file_output}}

• Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:

bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -sorted > {{percorso/del/file_output}}

• Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:

bedtools groupby -i {{percorso/del/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum

• Converti da formato BAM a BED:

bedtools bamtobed -i {{percorso/del/file.bam}} > {{percorso/del/file.bed}}

• Trova per tutte le proprietà in file1 la più vicina in file2 e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):

bedtools closest -a {{percorso/del/file1.bed}} -b {{percorso/del/file2.bed}} -d