mashtree

유전체로부터 빠르게 트리를 생성합니다. 계통수를 생성하지 않습니다. 더 많은 정보: https://github.com/lskatz/mashtree.

fastq 및/또는 fasta 파일로부터 여러 스레드를 사용하여 가장 빠르게 트리를 생성하고, newick 파일로 출력:

mashtree --numcpus {{12}} {{*.fastq.gz}} {{*.fasta}} > {{mashtree.dnd}}

fastq 및/또는 fasta 파일로부터 여러 스레드를 사용하여 가장 정확하게 트리를 생성하고, newick 파일로 출력:

mashtree --mindepth {{0}} --numcpus {{12}} {{*.fastq.gz}} {{*.fasta}} > {{mashtree.dnd}}

신뢰값을 포함하여 트리를 가장 정확하게 생성 (참고: mashtree 자체의 옵션은 -- 오른쪽에 위치해야 함):

mashtree_bootstrap.pl --reps {{100}} --numcpus {{12}} {{*.fastq.gz}} -- --min-depth {{0}} > {{mashtree.bootstrap.dnd}}